Dès le quatrième millénaire avant Jésus Christ, c’est via le port de Gebal qu’on exporte vers l’Egypte de l’essence de cèdre, du bois de cèdre (utilisé pour les constructions navales égyptiennes), la résine (pour les pratiques religieuses et notamment la momification), mais aussi du blé, du raisin et du vin. En sens inverse, les bateaux reviennent à Gebal chargés d’objets d’or, de tissus de lin et de rouleaux de papyrus : c’est comme ça que le papyrus égyptien est distribué vers le reste de la Méditerranée. La ville devient ainsi le plus grand port de commerce de la région. C’est aussi un important site religieux : on y vénère par exemple les divinités égyptiennes Osiris et Isis. La relation avec l’Egypte se traduit aussi par les dons fréquents des pharaons. On a trouvé plusieurs pièces d’orfèvrerie égyptienne dans les tombes des rois de Gebal. Jusqu’au Xe siècle av. J.-C., Gebal est un centre phénicien florissant, où est inventée une écriture phonétique alphabétique qui servira de base aux alphabets modernes. Selon plusieurs spécialistes, c’est au Xe siècle que cet alphabet est définitivement constitué (aujourd’hui, sur le parking construit face à la plage publique, un monument rend hommage à cet alphabet phénicien).

La ville connaît ensuite plusieurs vagues d’envahisseurs : les Perses, les Grecs d’Alexandre le Grand (qui donna à Gebal son nom de Byblos), les Romains, les Byzantins, les Arabes et les Croisés. Après que ces derniers l’eurent abandonnée, Byblos perdit son aura et devint un port comme un autre.

En 1984, l’Unesco a inscrit Byblos au patrimoine mondial de l’humanité, selon les critères suivants : les lieux apportent « un témoignage unique ou du moins exceptionnel sur une tradition culturelle ou une civilisation vivante ou disparue » ; ils offrent « un exemple éminent d’un type de construction ou d’ensemble architectural ou technologique ou de paysage illustrant une ou des périodes significative(s) de l’histoire humaine » ; ils sont « directement ou matériellement associé à des événements ou des traditions vivantes, des idées, des croyances ou des oeuvres artistiques et littéraires ayant une signification universelle exceptionnelle ».